kl散度
（2）dist用法
This function computes and returns the distance matrix computed by using the specified distance measure to compute the distances between the rows of a data matrix.
这个函数用特定的方法计算矩阵的行之间的距离，并返回距离矩阵 。
dist(x, method = "euclidean", diag = FALSE, upper = FALSE, p = 2)
method：可以是"euclidean", "maximum", "manhattan", "canberra", "binary", "minkowski"
diag：是否显示对角线的值
upper：是否显示上三角的值
p：The power of the Minkowski distance
（3）scale用法
scale(x, center = TRUE, scale = TRUE)

step7: scale是对矩阵的每一列进行标准化，如果要对行标准化需要先转置 。如heatmapdata <- t(scale(t(heatmapdata)))
（4）R Script
sampleDist <- dist(t(testdata1))
sampleDistMatrix <- as.matrix(sampleDist)
colnames(sampleDistMatrix) <- NULL
colors <- colorRampPalette(rev(brewer.pal(9,"Blues")))(255)
pheatmap(sampleDistMatrix,
clustering_distance_rows=sampleDist,
clustering_distance_cols=sampleDist,
color = colors)

猜你喜欢

• 怎么测试usb游戏手柄
• PPT怎么抠图不要背景？ppt如何抠图去背景？
• ps无损放大或缩小图片
• 微信锁是什么？怎么用
• 腾讯会议怎么退出账号
• 腾讯会议怎么开启视频
• 怎么修改打印机的名字
• 手机投屏电视怎么全屏
• 腾讯会议怎么发送签到
• 论文引用网页怎么标注