豪格的正蓝旗被没收后，多尔衮没有上交给顺治皇帝，而是被他以“俟归政，然后隶于上”的名义私吞了 。
顺治六年（公元1649年），镶白旗旗主多铎病逝 。多尔衮便将两白旗和正蓝旗一起混编 。原本属于豪格的正蓝旗佐领和原本属于多铎、阿济格的镶白旗佐领对调 。

对调之后，新的镶白旗没有旗主，多尔衮当仁不让的自领镶白旗旗主，加上正白旗，他就成为了两白旗的旗主 。
而新的正蓝旗则由原镶白旗的阿济格、多铎的次子多尼、阿巴泰第三子博洛、阿巴泰第四子岳东四人共同管理 。这四个人中，多尼名下的佐领数量最多，所以他是旗主，另外三人是小旗主 。
另外，正红旗旗主代善于同年病死 。他的儿子镶红旗旗主硕托在三年前被处死（岳托死后硕托继任） 。因此两红旗的旗主也都换了人 。正红旗旗主为满达海（代善儿子）、镶红旗旗主为罗科铎（岳托孙子） 。
这一系列震动之后，八旗旗主如下：
两黄旗——顺治帝；
两白旗——多尔衮；
正红旗——满达海，勒克德浑（小旗主）；
镶红旗——罗科铎，尼堪、硕塞（小旗主）；
正蓝旗——多尼，阿济格等人（小旗主）；
镶蓝旗——济尔哈朗；
八旗旗主的最终确定经过努尔哈赤、皇太极、多尔衮历经二十几年的调整，此时的八旗已经面目全非，跟最早的时候，完全不是一回事了 。
比如正白旗旗主原本是褚英，结果褚英被努尔哈赤弄死，正白旗的人马交给了皇太极和褚英的儿子杜度继承 。到了八旗建立时，杜度调任镶白旗，褚英当年的人马就变成了镶白旗 。
后来努尔哈赤为了给多尔衮挪位，把杜度挪到了镶红旗，褚英一系的人马又调到了镶红旗 。这变来变去的，八旗早已经不是当年的八旗了 。
多尔衮死后，顺治皇帝秋后算账，又对八旗做了一次大的调动 。
第一步，他先是把多尔衮的两白旗没收 。正白旗整旗被顺治皇帝收走，同顺治亲自掌控的两黄旗一起变成了所谓的“上三旗” 。
【满洲八旗各个时期旗主等级 清朝历代八旗旗主名单列表】第二步，将镶白旗，也就是原属于正蓝旗豪格的佐领，交给了给了自己的侄子，豪格的儿子富绶 。
第三步，顺治因怒迁恨，对多尔衮的亲哥哥阿济格下了死手 。把他夺爵治罪，他所属的佐领分别拨入了正白、镶白、正蓝三旗 。
自此也就有了上三旗和下五旗的说法 。其中上三旗由皇帝直接统领，下五旗由豪格、济尔哈朗、代善、阿巴泰、多铎、褚英等人的后裔统领 。
具体来说：
正黄旗、镶黄旗、正白旗——皇帝统领；

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