在2002年的一次演讲里 ， 哈梅内伊突显他不满意高等教育及科学部部长穆斯塔法·莫因（Mostafa Moeen）的表现 ， 因为莫因准许学生从事哈梅内伊认为是反伊斯兰教的行为 ， 如演奏和研习音乐、美术；到异教徒的国家旅游；非宗教性质的野外考察 。在该演讲里 ， 哈梅内伊要求更严格地管制这些行为 ， 敦促大学强制执行伊斯兰价值 。
哈梅内伊支持伊朗科学发展 ， 他是第一位准许进行干细胞研究及体细胞核转移的伊斯兰教士之一 。在2004年 ， 哈梅内伊表示国家的进步倚靠枓学及科技领域上的投资 ， 又认为社会对学者和科学家的重视有助于培育人才 ， 确保国家的进步和发展 。
人权
哈梅内伊说过人权是根本的原则 ， 隐含伊斯兰教教义 ， 领先西方所关注的人权达多个世纪 。伊斯兰教的人权包括生存、自由、公平对待及接受福利的权利 。他批评西方势力非议伊朗人权纪录的行为表里不一 ， 西方势力却以经济手段榨压第三世界国家的人民 ， 又支持独裁者 。
不过 ， 哈梅内伊并没有将之延伸到巴哈伊信仰的宗教自由上 ， 他支持迫害巴哈伊信仰 ， 又签署了缩减巴哈伊信仰在国内外影响力的多个方案 。根据一封由伊朗武装部队指挥部主席写给情报及国家安全部、革命卫队及警方的信件 ， 哈梅内伊下令指挥部识别巴哈伊信仰的信徒 ， 监视他们的活动 ， 并要搜集信徒的所有资料 。作为“监护人”或最高领袖 ， 哈梅内伊颁布教令指“监护人”在“任何关于穆斯林及伊斯兰教事务上”的决定是“整个民族的意志和决定” 。
1996年末 ， 哈梅内伊又颁布教令指音乐教育败坏年轻人的思想 ， 许多音乐学校被关闭 ， 禁止公共机构对16岁以下的少年教授音乐（私营机构不受影响） 。哈梅内伊又称“不论任何年龄和任何教育程度 ， 学校推广音乐（包括传统及西方音乐）不符合伊斯兰教的信条和理念” 。
到1999年 ， 哈梅内伊颁布教令允许采用捐精、捐卵和代孕的方式进行生育 ， 这与埃及在1980年代颁布有关辅助生殖技术的教令有所不同 ， 该教令允许使用辅助生殖技术 ， 但不包含第三者捐献 。
2000年 ， 哈梅内伊在写给议会的信函里表明禁止伊朗媒体法的修订 ， 他指“现行的媒体法有效地防止灾难 ， 现时草拟的法案是非法的” 。改革派及反对派经常批评他的“绝对立法权” 。部分议会成员表示愤慨 ， 又扬言会辞职 。
2002年 ， 他裁定人工干细胞研究在只制造人体部分器官的情况下在伊朗是合法和允许的 。
哈梅内伊在同年介入对大学教授哈希姆·阿哈加里（Hashem Aghajari）的死刑判决 ， 阿哈加里指出穆斯林应重新解读伊斯兰 ， 而不应盲目追从领袖 ， 因而被判死刑 。哈梅内伊要求法院重审 ， 后来阿哈加里被改判有期徒刑 。
2007年7月 ， 哈梅内伊批评伊朗的女权激进分子及《消除对妇女一切形式歧视公约》 。他在女权激进分子德拉瑞姆·阿里（Delaram Ali）被判处34个月有期徒刑及鞭笞10下的两天后称“在我们的国家……一些激进的妇女和一些男子企图在伊斯兰规条里大造文章 ， 以期贴合与妇女相关的国际公约” ， “这是不正确的” 。
关于妇女的着装要求 ， 哈梅内伊称妇女有义务穿着“希贾布”（穆斯林妇女穿戴的面纱和头巾） 。

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