第一次是南京御史郭惟贤上疏推荐反对张居正夺情的吴中行等五人任官 ， 接着御史杨四知论张居正十四大罪 ， 万历表明张居正虽然有错 ， 但不再追究 。此后请求平凡的案例不断出现 ， 而且贬谪所谓的“张党”成员曾省吾、王篆、殷正茂等人 。经过了两个月的争议后 ， 万历对朝臣清算张居正的事件进行叫停 。这一阶段的清算主要是内阁(主要是张四维)的意愿 ， 而不是万历所希望的 。
第二次清算是半年之后 ， 这一次主要是万历想收取张居正的家产 。万历十一年九月御史羊可立奏张居正曾隐占废辽王府田土 ， 乞严行查勘 。获准后 ， 一些旧案也被重新翻出来 ， 包括刘台案、洪朝选案 ， 万历十二年辽王次妃上疏鸣冤说张居正陷害亲王 。这些上奏恰好给了万历一个抄张居正家的由头 ， 负责查抄的官员行为过激 ， 逼死了张居正长子张敬修 ， 万历闻讯将该官逮问 ， 侧面反映了万历关注的是张家到底有多少钱 ， 而不是报复张居正 。
万历十二年八月 ， 万历令都察院将张居正的罪状发榜到各省 ， 宣告清算的结束 。
我们可以看到万历在清算张居正的过程中 ， 并不是要故意报复他 ， 而是针对言官们的奏劾进行查处 ， 并一直关注查处的过程 。回顾一下吕不韦、霍光、多尔衮等人的下场 ， 显然就不如张居正了 ， 这也是我们要注意的 。
张居正改革中利益受损的权贵和因反对张居正而被打击的官员要清算张居正 ， 这是我们可以想象的到的 。此外关于清算 ， 我们更要看到的是言官对于张居正强权压制的反扑和张四维等内阁大臣、张诚张鲸等司礼监太监对于自身利益追求的不择手段 。
脑补一下万历的小心思：看着你们也不爽 ， 朕就放心了 ， 嘿嘿!
参见文献：
赵中男：《明代宫廷政治史》 。
张毅：《论万历年间的倒张运动》 。