在脊椎动物中， 同样存在起着类似单眼功能的第三只眼， 位置就在两眼之间， 头顶正中线上， 也被称为中间眼（median eye） 。 七鳃鳗、硬鳞鱼类、少数真骨鱼类（特别是幼体）、一些两栖动物和蜥蜴都具有外露的中间眼 。 但中间眼的结构通常简单， 不能清晰成像， 主要用于感受光的刺激 。 这些动物都是变温动物， 体温取决于所接收太阳辐射量的多少， 中间眼帮助它们感受日光变化， 调节代谢过程和24小时的生物节律 。
此外， 几乎所有古两栖动物和早起爬行动物都有中间眼， 因此， 中间眼是在我们生物进化过程中出现过的结构 。 即使在包括人在内的哺乳动物身体里， 它仍没有彻底消失， 只是退化， 被收入了脑袋里， 称为松果体（pineal body） 。
松果体是位于间脑和丘脑之间， 是红褐色的豆状小体， 虽然它已不能直接接收光照， 但通过与视神经关联， 对光仍非常敏感 。 一般认为， 松果体能分泌多种生物活性物质， 主要是调节神经的分泌和生殖系统的功能， 而这种调节在光照的作用下具有很强的生物节律性 。 其中最知名的是褪黑激素（melatonin）， 它在夜晚的产量达到最大， 在白天的时候分泌最少， 并调节相应的组织器官做出适应性变化 。 褪黑激素的浓度直接与睡眠质量相关， 具有调节生物节律、类似“生物钟”的作用 。 此外， 褪黑激素已经被证明参与很多生命过程， 包括体温调节、季节性繁殖和免疫反应， 也具有抗衰老、抗氧化、抗炎等作用 。 还有， 该激素有对抗雌性激素的作用， 可抑制未成熟小鼠性腺的发育， 抑制雌性成年小鼠的生育力 。
【为什么有些动物能长出第三只眼？】如果这头印度牛出现了返祖现象， 松果体生成了顶眼， 这只眼睛多半会想爬行动物的顶眼一般， 仍能感光， 但不能成像， 而且也不该具有普通眼睛的外观特征 。 不过， 松果体在哺乳动物中已经退化多年， 返祖， 再次将其展现的可能性， 太过渺茫了 。

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