斯特姆的研究团队找出了与蓝色眼睛与棕色眼睛的形成相关的多种基因 。
眼睛的颜色大约74%得归因于第15对染色体上面一个叫做OCA2的基因 ， 它在很大程度上决定了虹膜的颜色 。 这个基因与肤色和毛发颜色也有些关联 ， 如果一对OCA2基因缺失 ， 就会形成白化病 。
还有一些基因能够控制虹膜中黑色素的多少 。 如果把我们的眼睛看作一部相机的话 ， 虹膜中的黑色素的作用就有点类似于光圈 ， 能够控制进入眼睛的光线多少 。 研究人员发现 ， 蓝色眼睛虹膜外层缺少黑色素 。
在上面提到的OCA2基因旁边有一个叫做HERC2的变异基因 ， 它决定了虹膜外层是否能够产生黑色素 。 这就有点像个开关阀门 ， 打开开关 ， 产生黑色素 ， 眼睛就是棕色的；关掉开关 ， 没有黑色素 ， 眼睛就是蓝色的 。 此外 ， 还有一些基因可以决定虹膜的结构 ， 比方说虹膜的厚度以及虹膜胶原蛋白的含量 ， 也会对眼睛的颜色深浅有些许影响 。
此外 ， 在白种人的孩子中会有这样一种现象：刚出生的时候眼睛是蓝色的 ， 随着孩子长大 ， 眼睛就变成其他颜色了 。 因为孩子眼睛中的黑色素需要在紫外线环境中逐渐沉积 ， 所以初生的几个月内色素沉积不多 ， 仍是蓝色 ， 在4到6个月以后就形成比较稳定的虹膜颜色 ， 可能不再是蓝色了 。
眼睛的颜色还与光线和虹膜的相互作用有关 。 有意思的是 ， 人的眼睛中是没有蓝色色素的 ， 眼睛之所以会显现蓝色、绿色、淡褐色等不同颜色 ， 是由于瑞利散射（又称分子散射）造成的 。 当粒子尺度远小于入射光波长时（小于波长的十分之一） ， 其各方向上的散射光强度是不一样的 ， 该强度与入射光的波长四次方成反比 。 简单点说 ， 波长愈短 ， 散射愈强 ， 蓝色在可见光中波长较短 ， 在各种细小微粒的作用下 ， 蓝色的光更容易被人眼捕捉到 。 所以 ， 眼睛的颜色跟周围接收到的光线也有关 ， 外界光不一样 ， 眼睛的深浅光色也会有所不同 。

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