由于近亲繁殖不可避免，使得大熊猫致隐性基因的纯合，后代生命力降低，甚至畸型或致死 。这种现象在动物园内人工饲养的大熊猫中也是一个严峻的问题，绝大多数个体是来自于同一野生地区，使很多在动物园中繁殖的幼仔在出生后出现畸型或者发育不良，大部分早期夭亡，种群难以得到维持和发展 。
因为大熊猫是世界上极其宝贵的自然历史遗产，具有重要的学术研究价值，其生存和保护现状，为世人所关注 。保护大熊猫的根本措施是保护大熊猫的栖息地，促进野外和饲养大熊猫的繁殖，完善和强化管理手段，采取科学的方法，为大熊猫的生存创造必需的条件，稳定进而发展大熊猫种群数量，发展和恢复大熊猫的潜在栖息 。
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