微生物群落多样性测序与功能分析(11) _rDNA测序起首需要提取情况样品

经由过程对宏基因组测序数据功能阐发和对应16s展望功能阐发成果的比力发现，此方式的精确性在84%-95% ，对肠道微生物菌群和泥土菌群的功能阐发接近95% ，能很是好的反映样品中的功能基因组成。
为了可以或许经由过程16s测序数据来精确的展望出功能组成，起首需要对原始16s测序数据的种属数目进行尺度化，因为分歧的种属菌包含的16s拷贝数不不异。然后将16s的种属组成信息经由过程构建好的已测序基因组的种属功能基因组成表映射获得展望的功能成果。（按照属这个程度，对分歧样本间的物种品貌进行显著性差别两两查验，我们这里的查验方式利用STAMP中的two-sample中T-TEST方式， Pvalue值过滤为0.05 ，作Extent error bar图。）
此处供给COG ， KO基因展望以及KEGG代谢路子展望。用户也可自行利用我们供给的文件和软件（STAMP）对分歧层级以及分歧分组之间进行统计阐发和制图，以及选择分歧的统计方式和显著性程度。
参考文献：
Donovan H. Parks1 , Gene W. Tyson,STAMP: statistical analysis of taxonomic and functional profiles, Bioinformatics (2014) 30(21): 3123-3124.doi:10.1093

32COG组成差别阐发图
图中分歧颜色代表分歧的分组，列出了COG组成在组间存在显著差别的功能分类以及在各组的比例，此外右侧还给出了差别的比例和置信区间以及P-value 。

33KEGG代谢路子差别阐发图
经由过程KEGG代谢路子的展望差别阐发，我们可以领会到分歧分组的样品之间在微生物群落的功能基因在代谢路子上的差别，以及转变的凹凸。为我们领会群落样本的情况顺应转变的代谢过程供给一种简洁快捷的方式。
图解读：图中分歧颜色代表分歧的分组，列出了在第三层级的组成在组间存在显著差别的KEGG代谢路子第三层分类以及在各组的比例，此外右侧还给出了差别的比例和置信区间以及P-value 。
本例图所显示的是第三层级的KEGG代谢路子的差别阐发，也可以针对第二或第一层的分级进行阐发。

34基因的差别阐发图
除了能对大的基因功能分类和代谢路子进行展望外，我们还能供给邃密的功能基因的数目和组成的展望，以及进行样本间以及组间的差别阐发，并给出具有统计意义和置信区间的阐发成果。
这一阐发将我们对于样本群落的差别进一步深切到了每一类基因的层面。
图解读：图中分歧颜色代表分歧的分组，列出了在组间/样本间存在显著差别的每一个功能基因（酶）以及在各组的比例，此外右侧还给出了差别的比例和置信区间以及P-value 。

35在获得尺度陈述后若是但愿零丁点窜分组或对某些组之间进行显著性差别阐发，可以利用STAMP软件在本身的电脑长进行数据阐发。 STAMP供给了丰硕的统计查验方式和图形化成果的输出。
在利用STAMP之前需要起首筹办需要的spf格局文件和样品分组信息表。在我们的陈述中已经将KEGG和KO以及COG的成果文件后颠末转换生当作了合用于STAMP软件打开的spf格局文件，还有对应的分组信息表文件groupfile.txt 。

微生物群落多样性测序与功能分析(11)

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