4我们还可以对这些种属的组成进行柱状图显示：
横坐标中每一个条形图代表一个样本 ， 纵坐标代表该分类层级的序列数量或比例 。 统一种颜色代表不异的分类级别 。 图中的每根柱子中的颜色暗示该样本在分歧级别（门、纲、目等）的序列数量 ， 序列数量只计较级别最低的分类 ， 例如在属入彀算过了 ， 则在科中则不反复计较 。
Q: 为什么要选择V3-V4区的测序长度？为什么有些文献是V6区 ， 有什么区别？
A:  16S rRNA总长约1540 bp ， 包含 9个可变区 。 因为高通量测序的测序长度的限制 ， 不成能将16S rRNA的9个可变区全数测序 ， 所以在PCR扩增时往往只能选择1-3个可变区作为扩增片段 。 Kozich 等评估了Miseq测序仪阐发的分歧16S rRNA可变区的精确性发现 ， 测定 V4 区结果最佳 。 按照我们的测序长度 ， v3-v4区是最佳选择 。







5我们还需要对样本之间或分组之间的OTU进行比力获得韦恩图：
注重 ， 韦恩图今朝一般最多只能显示5个样本或分组 ， 过多的样本无法无法进行韦恩图绘制




6样品组成品貌：
稀释曲线
微生物多样性阐发中需要验证测序数据量是否足以反映样品中的物种多样性 ， 稀释曲线（丰硕度曲线）可以用来查验这一指标 。
稀释曲线是用来评价测序量是否足以笼盖所有类群 ， 并间接反映样品中物种的丰硕水平 。 稀释曲线是操纵已测得16S rDNA序列中已知的各类OTU的相对比例 ， 来计较抽取n个（n小于测得reads序列总数）reads时呈现OTU数目的期望值 ， 然后按照一组n值（一般为一组小于总序列数的等差数列）与其相对应的OTU数目的期望值做出曲线来 。 当曲线趋于平缓或者达到平台期时也就可以认为测序深度已经根基笼盖到样品中所有的物种；反之 ， 则暗示样品中物种多样性较高 ， 还存在较多未被测序检测到的物种 。
下图中的稀释曲线
横坐标代表随机抽取的序列数目；纵坐标代表不雅测到的OTU数目 。 样本曲线的延长终点的横坐标位置为该样本的测序数目 ， 若是曲线趋于平展表白测序已趋于饱和 ， 增添测序数据无法再找到更多的OTU；反之表白不饱和 ， 增添数据量可以发现更多OTU 。




7Shannon-Winner曲线
Shannon-Wiener 曲线 ， 是操纵shannon指数来进行绘制的 ， 反映样品中微生物多样性的指数 ， 操纵各样品的测序量在分歧测序深度时的微生物多样性指数构建曲线 ， 以此反映各样本在分歧测序数目时的微生物多样性 。 当曲线趋势平展时 ， 申明测序数据量足够大 ， 可以反映样品中绝大大都的微生物物种信息 。
与上图一样 ， 横坐标代表随机抽取的序列数目；纵坐标代表的是反映物种多样性的Shannon指数 。
样本曲线的延长终点的横坐标位置为该样本的测序数目 ， 若是曲线趋于平展表白测序已趋于饱和 ， 增添测序数据无法再找到更多的OTU；反之表白不饱和 ， 增添数据量可以发现更多OTU 。

猜你喜欢

• 微生物世界科学小常识
• 对微生物的作用
• 生物多样性手抄报图片 生物多样性手抄报怎么画
• 如何控制水族箱的病原微生物
• 青砖茶渥堆发酵中微生物的变化
• 极端环境中的生命系统：深海微生物为啥活几千年才繁殖一代？
• 陆龟的饮食要保证多样性
• 如何防止观赏鱼微生物感染
• 水族饲养中净水微生物的应用
• 转载 医学基础知识：微生物的分类及速记方法