当藿香苗长至12-15厘米、有4-6片真叶时要进行定苗 。定苗的株距为25厘米，行距为40厘米 。在定植后一定要浇水一次 。
追肥：当幼苗长至3厘米高时，可进行第1次追肥 。在追肥前，应在距离藿香植株10厘米处开一浅沟，然后将人粪尿水或稀薄尿素水顺沟施入，最后封土即可 。
一般情况下，第一次追肥的量不能太多 。原则上亩追2000公斤人粪尿水或3%的稀薄尿素水即可 。
当苗高达到7-10厘米时进行第二次追肥 。此次追肥可追施土杂肥 。一般每亩可追施3000公斤，将土杂肥顺垄撒施在藿香根部即可 。
当苗高达到15-20厘米时进行第三次追肥 。此次追肥可追施三元素复合肥40公斤/亩 。在追肥前，也和第一次追肥一样开浅沟，然后进行追肥并覆土 。
当苗高达到25-30厘米时进行第四次追肥 。此次追肥可追施尿素18公斤/亩；钙镁磷肥15公斤/亩 。追肥方法与第一次和第三次相同，封垄后可不再进行追肥 。
中耕除草：苗高3厘米时进行第一次中耕，此次中耕一定要浅中耕，以免锄头伤及藿香的根系；当苗高12-15厘米时进行第二次中耕，此次中耕的深度可以适当深一些，用以增加土壤的透气性，但中耕深度不能超过7厘米；当苗高达到21-24厘米厘米时进行第三次中耕，此次中耕的深度可以达到10厘米以上，用以彻底疏松土壤 。
除草应随时进行 。如发现田间有杂草滋生，应及时进行拔除，以免杂草与藿香争夺养分与水分 。切记：种植藿香不能使用除草剂除草！
浇水与排灌：藿香喜微潮的土壤环境，在播种和移栽后，如遇干旱无雨，应及时进行浇水 。若在生长期间发现地表龟裂，土壤含水量下降，应随时“补水” 。
但是藿香又“忌水”，如果土壤中的湿度过大，会导致藿香烂根，最后死亡 。因此，不能过度浇水 。如果出现连阴雨天气，一定要及时排灌 。
培土：当苗高25-30厘米时（原则上是在第2次收割后）进行培土护根 。培土的高度一般为6厘米 。如果培土过高，会抑制植株的呼吸，影响植株生长；如果培土过低，会起不到护根的作用 。
采收
一般在6-7月份植株的花序抽出但未开花时进行采收 。在采收时可将全株割下晒干即可 。南方地区种植的藿香一般可采收两次，第二次采收可在9-10月份进行，采收的方法与第一次相同 。