在东汉后期时，张仲景师式西汉成帝时的《汤液经法》，在《汤液》以方位命名、分类应用经方的基础上，根据病人的症状与体征所发生的部位不同、以及所反映出的人体机能的亢奋与否，归纳总结出了一套系统的疾病分类方法，即三阴三阳六病理论；为经方家在不知道人体结构生理、病机病因的情况下，根据病人的症状与体征，正确应用经验方证制定了一套操作规范 。可惜张仲景的“论广《汤液》”，经王叔和撰次后，就沦落为一本专治伤寒的《伤寒论》了；经北宋林亿辈校修后，不但搞乱了张仲景的学术渊源，而且又进一步将《伤寒论》狭义化了，以致后世真正能理解张仲景旨趣者少之又少！但是，只要认真研究一下《脉经》、《诸病源候论》、《千金方》、《千金翼方》与《外台秘要》就不难发现：在汉唐之际，医经家与经方家就像现在的中医与西医一样，虽然都是为人治病，但是两个不同的诊疗体系 。
到了两宋时，因为朝廷重文抑武、重视医药，所以医生的社会地位就被提高了；尤其是范仲淹“不为良相，便为良医”的言论，更是为落地学子和官场失意的士大夫们找到了归宿，因此儒医便诞生了 。因为理学的影响，他们“以术为不可恃，而必推求其理”，所以就开始用本为针灸提供理论基础的《素问》、《针经》包括《难经》中的知识注解《伤寒论》，因为对张仲景三阴三阳六病的错误解读，导致了温燥之剂滥行于世；特别是朝廷设立的和剂局编撰并出版的《和剂局方》，不仅扩大了一些经方的方证范围，而且还将不少汤剂变为煮散，因此改变了这些经方的用量，以致出现了方不治病的怪象 。因为从北宋开始整个朝野都非常迷信五运六气，所以到了宋金时以张元素为代表的一些儒医们、就简单地将这种现象归咎为“运气不齐，古今异轨，古方今病不相能也”！于是他们就逐渐抛弃了汉唐千余年的经方医学，一本岐黄之术，走上思辨医学的歧途了！
清·《四库全书》中说：医分于金元 。其实就是这些儒医们，也因为“天人相应”、“人附天数”与“阴阳五行”思想的影响下，将东汉医经家“以天喻人”，类比而来的“脏腑经络学说”，当作人体真实的结构生理对待了 。在医疗实践中，他们根据病人的症状与体征，用这个“天人模型”通过司外揣内，广泛思辨推测人体的结构生理、病机病因，描述中药的功能归经、指导处方用药；其实与人体真正的结构生理、病机病因相去甚远！因此清·王清任才会《医林改错》，但限于当时的科技条件，也只可能对人体结构的认识有所提高，对人体生理的认识不会有什么突破！尤其是用《素问》从自然界观察而来的物理的对抗性原则治疗人体疾病，很多都不符合人体自然的祛病机能，反而与西医的对抗性疗法非常相似，所以临床疗效根本就不能与经方相提并论！

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